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凈化萬級手術室通過創建“正壓”環境并控制氣流的垂直或水平流動以形成流動層，然后對對流層氣體進行過濾和滅菌來實現凈化，這些氣體使用空調系統來供應和返回空氣。

1.小型層流手術室

過濾凈化工程吹風口前風口，吹入地板上的入口側位置，氣流狀態容易產生湍流，空氣變化（風速）在20~50次/h，溫度范圍在22℃+/-1-5℃，內外壓差在5-25pa（0.5-2.5mmH2O），需要在檢查過程中材料受到限制，且所需機械室小，易于凈化工程度可控，房間分配也限制區域，但工作人員不受限制。

2.中型層流手術室

凈化工程中吹出口和過濾器的位置主要在凈化車間側壁上，吹入口位置在吹出口對面的墻壁上。雖然氣流是水平層流，但下側的氣流會逐漸被污染。溫度范圍主要為22℃±1-3℃，室內外壓差為5--25pa（0.5-2.5mmh2o）。凈化過程所需的機械室中等大小，而建筑材料有限。工業的難度需要略高的技術，而且空間有限。而且房間的工作區域也是有限的。

3.大型層流手術室

在潔凈室或無菌室內吹出口，主要是口板過濾器位置，吹入入口位置在篩網或孔口，類型是垂直層流氣流狀態，空氣變化（空氣速度）在250-650/h0.25m/s左右，溫度范圍在1-3℃至22℃+，室內外壓差為5~25pa（0.5-2.5mmH2O），且所需機械室較大，建筑材料也有規定，難度較大工程一般需要較高的技術水平，手術室的面積可以得到很多的面積。

凈化萬級手術室操作模式根據手術室的大小和操作要求來決定，而不是隨意設置，因為一方面要滿足清潔度的操作要求，另一方面層流手術室啟動成本高，醫院合理利用節省不必要的開支。